Человек без памяти приходит в себя с татуировкой XIII и ключом, назначение которого ему ещё предстоит выяснить. После убийства президента США улики ведут именно к нему. Чтобы понять, кем он был до потери памяти и почему за ним охотятся, Тринадцатому приходится идти по следам заговора, доверяя обрывкам информации и собственным боевым навыкам.

XIII — Classic передаёт действие от первого лица, но оформляет его как комикс. Небольшие панели показывают отдельные события прямо во время игры, а рисованные контуры связывают перестрелки и сюжетные сцены в узнаваемую картинку.

Маршрут проходит через последовательность заданий. В открытой схватке герой пользуется пистолетами, автоматами и дробовиками, по пути ищет боеприпасы, аптечки и защиту. Следующая улика может оказаться важнее очередной стычки, ведь его главная задача — восстановить собственное прошлое.