Действие Touhou Mystia's Izakaya разворачивается в Генсоке — вымышленном японском городке, где хозяйка ночного идзакая Мистия Лорелей мечтает превратить своё заведение в самое популярное в городе. Идзакая — питейное место, куда обычно приходят после ночной смены выпить алкоголь.

Однако надежды Мистии почти рушатся: из-за влиятельной семьи Якумо её идзакая оказывается на грани закрытия. Чтобы спасти заведение, девушка вынуждена подчиниться тираничной семье и временно стать её финансовой рабыней. Освободиться от этого положения можно, заработав много денег и наладив нужные связи.

Днём предстоит общаться с персонажами, выполнять квесты и разгадывать головоломки. Важно подружиться с влиятельными представителями высшего общества: впоследствии они помогут Мистии сбросить ярмо и поддержат её заведение. Ночью нужно обслуживать посетителей. Новых клиентов и их предпочтения следует заносить в блокнот — так при следующем визите получится быстрее подать нужный заказ и получить дополнительные чаевые.