В альтернативном мире наступил мрачный 2007 год. Ядерный конфликт уничтожил большую часть планеты, и лидеры великих держав заключили перемирие, которое, однако, долго не продлится.

На острове Слоун собирает роботизированную армию «Omega Force». Ему противостоит отряд из двух бойцов подразделения Mark IV Cyber Commando: киборг Рекс Кольт с позывным «Power» и Тайрон «Spider» Браун. Игрок управляет Рексом. Исследуя островную инфраструктуру, герои узнают, что Слоун намерен не только создать войско ботов, но и запустить межконтинентальные баллистические ракеты. Из-за этой угрозы их задача становится сложнее.

Far Cry 3 - Blood Dragon — приключенческий шутер от первого лица, выпущенный как дополнение к оригинальной игре. У него отдельная история, выдержанная в духе старых боевиков и компьютерных игр. Название связано с опытами над людьми: для них используют кровь драконов, обитающих в дикой части острова. Слоун собирается расправиться с несогласными, превратив их в «Бегущих мертвецов».

Во время прохождения игроку предстоит оставить остров и отправиться в другое измерение. Там нужно преодолеть несколько испытаний, за которые дают оружие «Луч Смерти» (Killstar). Игровой процесс продолжает идеи Far Cry 3: захват аванпостов и освобождение заложников. Выполнение заданий приносит «киберопыт», позволяющий улучшать снаряжение и навыки.