Borderlands: The Pre-Sequel показывает возвышение Красавчика Джека между событиями первых двух игр. Приключение переносит перестрелки и сбор добычи на Элпис — луну Пандоры. Пониженная гравитация меняет передвижение, позволяя дольше оставаться в воздухе и атаковать сверху.

Кислородные наборы расходуют запас на усиление прыжков; восполнять его помогают источники и зоны с пригодной атмосферой. Исследование лунных локаций чередуется с поиском оружия, торговлей и встречами с противниками разного уровня.

Лазеры составляют отдельную категорию вооружения, а криоурон замедляет и замораживает цели. Среди производителей есть SCAV, а лунные камни используются для особых покупок на чёрном рынке.

Базовая игра предлагает четыре класса, включая Афину, Вильгельма, Нишу и Железяку. С двумя дополнительными героями из DLC выбор расширяется до шести. Персонажи имеют разные способности, сохраняя общую основу шутера с ролевой прокачкой.