Отдых Джейсона Броди на островах Рук заканчивается пленом его друзей. Чтобы освободить их, ему приходится противостоять пиратам Вааса Монтенегро и наёмникам Хойта Волкера, осваивая жизнь среди хищников и вооружённых групп. Связь с Ракьят и Цитрой меняет самого Джейсона; новые воинские идеалы вступают в конфликт с его отношениями с Лизой.

В Far Cry 3 исследование связано с радиовышками, открывающими сведения о местности, и освобождением аванпостов. Охота обеспечивает шкуры для улучшения снаряжения и переноски боезапаса. Три ветви навыков развивают разные способы боя и скрытности, а Татау отражает продвижение героя на его теле.

Между участками архипелага можно двигаться на лодках, использовать дельтапланы и костюм-крыло. Заросли помогают избегать прямого столкновения с превосходящими силами. По мере развития истории спасение друзей переплетается с освобождением островов и моральным выбором, определяющим судьбы выживших.