После крушения корабля курсант приходит в себя и понимает, что команда погибла. Действие Aliens vs. Predator разворачивается на планете BG-386, куда направлены два отряда. Вооружившись тем, что удалось найти, курсант отыскивает капрала и выходит на связь с командным центром. Капрал посылает его в близлежащий клуб: там укрылись уцелевшие бойцы. Но, обнаружив оставшееся оружие и снаряжение, герой видит, что почти все погибли. Второй отряд пытается прийти на помощь, однако Ксеноморфы его перехватывают. Курсанта, который отступает, хватают и уносят в улей.

В этом шутере от первого лица с элементами survival-хоррора предстоит спасти Ван Зандта. Очнувшись в шахтах, герой выбирается наружу и распределяет напряжение по силовому полю. Позже, вернувшись к Текиле, он узнаёт от неё, что нужно выручить и Вана. Противостояние с Ксеноморфами постоянно сопровождает игрока: сами противники не слишком сообразительны, зато способны нападать из укрытия, пользуясь тенью.

Сражения с монстрами занимают значительную часть игры, но в ней также немало диалогов. Для продвижения между уровнями нужно не только уничтожать врагов, но и разгадывать головоломки. На большинстве тёмных локаций пригодятся фонарик или химический источник освещения. В арсенале есть дробовик, пистолет, импульсная и снайперская винтовки, пулемёт и огнемёт; некоторые виды оружия доступны лишь в отдельных эпизодах. Игроку выделено три оружейных слота, однако пулемёт занимает два. Обнаруживать врагов помогает специальный детектор движения. Играя за выживших, быстро восстановить здоровье нельзя: персонаж находит шприцы, которые восполняют его постепенно.