Deadpool основана на комиксах Marvel о Дэдпуле — антигерое этой вселенной. У игры нет единой чёткой сюжетной линии, но идущие одна за другой миссии связаны общей направленностью. Во время прохождения герой постоянно нарушает четвёртую стену: обращается к игроку и осознаёт, что находится внутри компьютерной игры.

Дэдпул хочет стать героем игры, но High Moon Studios ему отказывает. В ответ он минирует здание и добивается того, чтобы руководство согласилось на его предложение. По сценарию первая миссия — убить медиамагната Ченса Уайта. Задание осложняет сообщник Уайта по прозвищу Злыдень, поэтому Дэдпулу приходится заручиться помощью других персонажей, чтобы завершить миссию.

Среди встречающихся героев комиксов есть союзники — Кейбл и Люди Икс — и противники, включая Злыдня, Вертиго и Блокбастера. В бою Дэдпул может телепортироваться и восстанавливать здоровье. Из оружия ему доступны сдвоенные пистолеты, дробовики, автоматы и плазменные винтовки, а для ближнего боя — катаны, саи и молоты. С собой разрешено носить огнестрельное и холодное оружие; можно также использовать гранаты. Боевая система строится на чередовании обычных и силовых атак: из них складываются комбинации, которые открываются постепенно по мере прохождения.