Buggos 2 ставит игрока во главе разумного улья, стремящегося покорить планеты. Направляя стаи жуков на человеческие поселения, коллективный разум должен завалить оборону массой биомассы и уничтожить людей на всех шести планетах солнечной системы. Для захвата каждого мира рой раз за разом атакует укреплённые рубежи, пока они не падут.

Улей развивается вместе с ходом кампании: за выполненные задания начисляют очки эволюции, которые можно вложить в каталог, насчитывающий свыше 150 улучшений. Они позволяют создавать бойцов с особыми специализациями и умениями под разные условия боя. Ресурсы разрешено перераспределять когда угодно, что даёт возможность менять тактику между миссиями и готовить войско к следующей битве.

После покорения планеты игроку предлагают три обязательные мутации. Каждая остаётся активной до завершения кампании, а такие эволюционные изменения могут существенно повлиять на выбранную стратегию. Люди, со своей стороны, отвечают на угрозу развитием технологий, нового вооружения и оборонительных укреплений.

В основе наступления — рост биомассы и непрерывные атаки, призванные проломить вражескую защиту. Адаптация улья и новые мутации помогают приспосабливаться к меняющимся условиям. Захват планет открывает доступ к сильным необратимым усилениям.