После гибели Сверхразума на Айюре конфликт в Starcraft Brood War переходит в период всеобщего хаоса. Выжившие направляются искать убежище в сумеречных землях Шакураса, тогда как в сектор Копрулу прибывает карательная экспедиция Земного Директората. В центре истории — стремление Сары Керриган подчинить себе весь Рой и трагическая судьба адмирала Жерара Дюгалля. Политические интриги и потери разрушают прежние союзы: вчерашние товарищи становятся врагами в борьбе за господство на галактических рубежах.

Игровая система заметно меняется: сложность резко возрастает, а от игрока требуется больше тактической гибкости. Компьютерный противник ведет себя агрессивнее, сочетает заклинания и устраивает внезапные диверсии. Задачи миссий уже не сводятся к прямолинейному прохождению: способы выполнения целей различаются, а ограниченные ресурсы приходится распределять обдуманно. На выжженных землях Корхала и ледяных плато Браксиса успех зависит также от умения управлять войсками с учетом особенностей рельефа.

Новые боевые единицы существенно меняют соотношение сил трех фракций. Люди получили мобильных медиков, а зерги — скрывающихся под землей хищников; из-за них приходится заново продумывать устройство обороны. Протоссам стали доступны существа, способные подчинять волю врагов, поэтому исход столкновений становится менее предсказуемым. Нововведения призваны противодействовать тактике быстрых налетов и поощряют последовательное планирование вместе с контролем воздушного пространства.

Медик поддерживает пехоту в долгих перестрелках и помогает ей дольше сохранять боеспособность. Люркер прячется под землей и атакует вражеские ряды острыми шипами. Темный Архонт применяет ментальное воздействие, чтобы захватывать чужие отряды. Валькирия — фрегат, чьи мощные ракетные залпы предназначены для поражения крупных воздушных зон. Маневренный Корсар создает помехи, выводящие из строя наземные укрепления. Девоурер — тяжелый мутант; его едкие выделения ослабляют защитные покрытия вражеских флагманов.