В этой отдельной сюжетной линии Сэм Фишер, оперативник АНБ, получает задание проникнуть в экстремистскую организацию — Армию Джона Брауна. Чтобы не выдать себя, ему приходится сочетать указания куратора с поручениями преступных главарей. Ошибка может привести как к раскрытию агента, так и к гибели сотен мирных людей.

Исход истории зависит от того, насколько двум фракциям удастся доверять Фишеру. Игроку предстоит скрытно проводить диверсии и использовать, среди прочего, усовершенствованную ночную оптику. Задания проходят в суровых условиях — от ледяных океанских просторов до песчаных бурь. Планировка уровней отличается от другого варианта игры, но неторопливый классический ритм прохождения сохранён.

Технические изменения снимают прежние ограничения частоты кадров и устраняют низкое разрешение. Предусмотрены широкоэкранный вывод и адаптивная синхронизация, а задержки мыши, связанные с вводом команд, устранены.

Частоту кадров больше не ограничивают: она может подстраиваться под монитор. Для сглаживания геометрии доступны MSAA и SMAA. Разрешение карт теней доведено до 8192 × 8192, а дальность отображения источников света увеличена в восемь раз.

В сетевой игре можно состязаться в режиме «Шпионы против наёмников»; в нём доступна голосовая связь.