Season 2 рассказывает о событиях, происходящих спустя два года после первой части «Ходячих мертвецов». Игрок управляет десятилетней Клементиной: она лишилась прежних друзей и теперь одна ищет убежище и пытается выжить среди живых мертвецов.

В пути девочка находит старую хижину, которая сперва кажется тихой и безлюдной, но в ней уже обитают люди. Они рады Клементине и принимают её в свою группу. Вместе с ней по сюжету идут Ребекка, которой скоро рожать и которая не знает, кто отец ребёнка; добрый учитель Уолтер, готовый помогать девочке, пока не узнаёт о смерти своего супруга; и Карлос, отец пятнадцатилетней Сары. Он изо всех сил оберегает дочь от внешнего мира: Сара до сих пор не знает о нашествии зомби и других сторонах апокалипсиса. Уолтеру нравятся мужчины.

Угроза ходячих здесь отступает на второй план: важнее понять, кому можно доверять, а от кого ждать предательства. Игроку приходится внимательно следить за диалогами и выбирать ответы, хотя на повороты событий он влияет лишь косвенно. В одной беседе Клементина может вести себя как добрый ангел, а в другой — казаться настоящей циничкой. Через шесть эпизодов история завершается логичным финалом, который приводит к одной из трёх возможных концовок.