Джоди Холмс с рождения связана с Айденом — невидимой сущностью, чьё присутствие меняет всю её жизнь. Beyond: Two Souls позволяет прожить отдельные эпизоды этой истории, взаимодействуя с людьми, окружением и потусторонним спутником. Спокойные сцены сменяются опасными происшествиями; отношения и решения складываются в разные варианты дальнейшей судьбы героини.

Можно выбрать исходный кинематографический монтаж с переходами между возрастами Джоди либо пройти события по хронологии. В первом случае связи между разрозненными эпизодами постепенно становятся понятнее. Изменение порядка глав не отменяет выбора внутри них: реплики и поступки влияют на развитие событий и финал.

Во время конфликтов используются реакции на происходящее и действия по времени. Для уклонения или ответного движения важно следить за персонажем, а не только ждать привычного указателя кнопки. В остальное время основой прохождения остаются исследование небольших сцен, разговоры и взаимодействие Джоди с Айденом. Эпилог учитывает принятые решения и судьбы встреченных людей.