Subterfuge разворачивается в изолированных глубоководных бассейнах и предлагает стратегическое противостояние, рассчитанное на несколько дней. На случайно создаваемой океанической карте игроки стараются как можно быстрее захватить нейтральные аванпосты, чтобы укрепить промышленную мощь. Владение такими точками приносит энергию и даёт возможность регулярно строить подводные корабли. Матч идёт без перерыва в реальном времени семь дней, а затяжная борьба за позиции проверяет выдержку участников.

Для победы важны не столько размеры флота, сколько психологическое воздействие и умение выстраивать доверие. Союзам нельзя полагаться безоговорочно: личная переписка служит и для согласования общих ударов, и для обмана тех, кто лишь кажется союзником, и для подготовки внезапной измены. Медленное движение боевых кораблей делает хладнокровный блеф ключевым средством борьбы с соперниками.

Морские операции требуют соблюдения флотских правил. Путь субмарины к удалённой цели может длиться больше 12 часов, поэтому приказы на манёвры отправляют заранее — так флот способен действовать самостоятельно. Для преимущества в конце кампании нужно удерживать ресурсные шахты и сохранять добывающие комплексы. При этом следить за действиями противника можно лишь рядом со своими станциями.