Действие SpaceBourne 2 продолжается после финала первой игры. Вместо того чтобы сразу сосредоточиться на создании космической державы, можно сперва изучать открытые для исследования солнечные системы. Поступки героя влияют на его положение: он способен заслужить славу или нажить врагов, а сложившаяся репутация может облегчить установление дипломатических связей.

Игрок управляет космическим путешественником, которому доступно множество занятий. Однако корабль требует средств на содержание и улучшение, поэтому без выполнения миссий и поручений не обойтись. Из-за размеров судна герою необходим экипаж; у его участников есть собственные потребности, а также задачи, которые им можно поручать.

Зарабатывать и развивать экономику можно разными способами. Полезные ископаемые нужны для строительства, производства топлива и других товаров на экспорт: для добычи стоит покупать шахты и размещать их на астероидах и спутниках. На заброшенных и повреждённых кораблях можно собирать ценные вещи и продавать их на рынке; другой вариант — пиратство, связанное с опасностью. Некоторые государства платят за устранение глав мятежников или подтверждение их гибели. Ещё один способ путешествовать и находить редкие предметы — червоточины, переносящие в случайные точки вселенной, в том числе в другие измерения.

Накопив благодаря заданиям достаточно ресурсов и средств, герой может основать государство на заброшенной планете. Его существование будет опираться на дипломатические договорённости: они позволяют торговать и расширять возможности страны. Чтобы заключить такие соглашения, предстоит заручиться поддержкой каждого Старлорда и различных советов.