В Flight Of Nova игрок занимает место пилота космического шаттла и отправляется изучать галактику Нову. На корабле можно перелетать между звёздами и исследовать континенты. Полётная модель опирается на физику и аэродинамику: ощущаются масса и громоздкость транспорта, а управление тяжёлой машиной в невесомости создаёт особое впечатление.

Действие разворачивается в окрестностях планеты NVA-31. Для тренировок доступны несколько грузовых шаттлов, различающихся характеристиками и особенностями. В сюжетной кампании предстоит выполнять самые разные задачи: выводить корабли на орбиту, стыковаться со станциями, выживать в открытом космосе, возвращаться на Землю и защищать наземные аванпосты. Также можно исследовать поверхность Новы; в описании её диаметр указан как почти 13 000 квадратных километров.

В игре есть два режима. Кампания объединяет последовательность разнообразных миссий, а Rogue предназначен для свободного изучения орбитальных станций и наземных баз. Выполнение заданий открывает новые корабли и помогает выяснить, почему пилот оказался в далёком космосе. Среди особенностей игры — полёты с учётом физических законов, вход в атмосферу планеты, транспортные и поисковые задания, а также стыковка с орбитальными станциями.