В недалеком будущем крупные державы ведут охоту за «Теорией Сигмы» — открытием, которое может обеспечить бессмертие, обрушить мировую экономику или позволить захватить любое государство. Технологию способны применить как следует лишь несколько ученых на планете, поэтому страны задействуют для ее поиска собственные подразделения.

Игрок возглавляет одну из таких команд — «Сигму» — и помогает своей стране добиваться контроля над миром. В начале нужно собрать отряд из четырех спецагентов. На выбор предлагается 50 кандидатов, часть из которых становится доступна по ходу прохождения. У каждого — собственные биография, характер, перки и характеристики; личность влияет на то, как он ведет себя во время заданий.

Агентов вербуют через диалоги: если выбрать подходящие реплики, специалист согласится присоединиться к команде. Затем оперативников отправляют за границу на шпионские задания. Они добывают компромат и информацию, разыскивают научных сотрудников, похищают или устраняют важных людей. Игра идет пошагово. Операции порой проваливаются, и тогда игроку предлагают давать конкретному агенту подсказки, чтобы он смог уйти от преследователей.

В сюжете участвуют 100 персонажей — среди них боевики, политики, лоббисты и другие NPC. Отношения с ними отражаются на дальнейшем развитии истории. Иностранных представителей можно пытаться переманить угрозами, лестью или шантажом. Также доступна контрразведка: пойманных чужих агентов разрешено допрашивать и за деньги отправлять обратно на родину.