В Project Silverfish герой оказывается в опасной зоне отчуждения, где ищет артефакты огромной силы и необычное оружие. Здесь соседствуют забытые ужасы человеческого происхождения и сверхъестественные кошмары. Чтобы добывать ресурсы и пополнять арсенал, персонажу нужно исследовать заброшенные подземные комплексы эпохи холодной войны. Игра с видом от первого лица заставляет полагаться на сообразительность и пользоваться разными средствами выживания. Исследование ведет к разгадке мрачных секретов о происхождении народа и гибели человечества.

Героя можно собрать самостоятельно либо выбрать один из шести готовых классов, представляющих наследников руин человеческой цивилизации. Перки и изменяемые правила позволяют задавать каждой сессии свои условия. За решения и последствия допущенных ошибок отвечает сам персонаж. Встречающиеся задачи и опасности не снабжены предписанным способом решения: придется либо вступать в перестрелки, либо прибегать к снаряжению. Как поступать в конкретной ситуации, решает исследующий локации герой.

Контракты и миссии требуют логически разбирать подсказки, отыскивать улики и таким образом раскрывать тайны зоны. Среди занятий — изучение подземелий времен холодной войны, борьба с порождениями проклятого прошлого и взаимодействие с фракциями, соперничающими за территорию. Можно разыскивать могущественные артефакты, превращать их в экзотическое оружие и выяснять мрачные секреты, связанные с гибелью цивилизации.