В Fight School Simulator игрок становится хозяином академии боевых искусств и развивает собственное додзё: обустраивает зал нужным инвентарём, принимает учеников, задаёт занятия и следит за работой школы. По мере роста учреждения приходится учитывать запросы воспитанников и поддерживать его благополучие.

Развитие академии связано с подготовкой бойцов. Игрок и его ученики осваивают новые техники у мастеров, повышая своё мастерство. Великий Мастер поручает задания, для выполнения которых нужно пройти мини-игры, направленные на отработку конкретных умений. Эти испытания усложняют обучение, в остальном посвящённое подготовке бойцов.

Академии соперников создают дополнительные проблемы, а додзё приходится оберегать от мафии и городских преступников. В отношениях с конкурентами и окружающим миром важны стратегия и дипломатия. Также необходимо распоряжаться ресурсами — в том числе доходом от обучения и моральным состоянием учеников. Игрок может обустраивать и менять додзё, подбирая тренировочное оборудование, декор и планировку.