В Parasite игрок управляет существом, которому необходим человеческий носитель. Каждое действие расходует энергию, поэтому долго оставаться без тела нельзя. Захватив человека, паразит получает доступ к его навыкам, вещам и воспоминаниям; хозяин постепенно истощается, вынуждая искать замену или поддерживать его состояние.

Чтение памяти помогает выяснить собственное происхождение. Сведения собираются по городу и складываются в последовательность прошлых событий, пока тайная организация выслеживает существо. Можно прятаться, использовать внешность носителя и развивать мутации, расширяющие возможности выживания.

Убежища устраиваются в канализации или удалённых пещерах. Паразит способен создавать культ последователей, используя их профессии и влияние. Город с жилыми районами, лабораториями и окраинами генерируется для новой игры. Доступны сюжетный сценарий и свободная песочница, отдельные настройки сложности систем и поддержка модификаций.