События Outbreak Island происходят на острове Эрлсен, где неизвестный вирус внезапно поразил жителей небольшого региона и начал лишать их рассудка. Чтобы скрыть катастрофу, правительства соседних стран согласовали тайную операцию и изолировали территорию от внешнего мира. На остров скрытно прибывает Говард Чапман: ему предстоит выяснить, что вызвало происшествие.

Добравшись до места, герой сталкивается с многочисленными преградами. Для каждой из них у него найдётся подходящий навык или инструмент, однако отступать некуда — остаётся исследовать окрестности и бороться за выживание. Особенно важна фотокамера: её вспышка отвлекает заражённых либо временно ослепляет их. С помощью камер также можно наблюдать за удалёнными участками и следить за поведением их обитателей.

Исследуя остров, игрок собирает материалы и ресурсы. Крафт даёт возможность изготавливать оружие и улучшать снаряжение, а еда и лекарства помогают справляться с голодом и травмами. Новые улики постепенно раскрывают причины эпидемии и позволяют выяснить, кто за неё отвечает. Сам Говард не имеет защиты от вируса и рискует заразиться.