В альтернативном антиутопическом будущем человечество оказалось на грани гибели: продовольствие на планете убывает, миллиарды людей голодают и каждый день умирают. Запасов хватит лишь на 30 дней. Спасти людей может только космический ковчег, которому предстоит найти подходящую для жизни планету.

В Organs Please игрок становится одним из руководителей проекта и отвечает за строительство ковчега: создание его модулей, производственных помещений и исследовательских центров. Но нужно решать и кто получит место на борту. Все хотят выжить, однако одни останутся на планете, а другие должны будут отдать кровь и органы ради спасения остальных.

Каждый день на корабль претендуют сотни людей. Игроку предстоит оценивать их физическое и психологическое состояние, профессию, умения, характер, страхи и прочие качества. Отбор важен для будущей цивилизации: на новую планету нужны профессионалы, способные ее построить. Некоторых кандидатов придется отправлять на органы или использовать в опытах, чтобы улучшить условия для тех, кто получил билет на ковчег.