Особняк Руби Ля Руж оказывается ловушкой: проникнув внутрь, агент А обнаруживает запертые выходы. Чтобы выбраться и продолжить расследование, нужно изучать предметы, запоминать подсказки и замечать связи между механизмами. Рычаги, вращающиеся детали и кодовые замки превращают комнаты в цепочку взаимосвязанных задач.

Agent A: A puzzle in disguise оформлена в духе шпионского кино шестидесятых. Поручение Эрмина Д. Скайса приводит героя к Руби, готовящей нападение на круизный лайнер. Поиск улик постепенно меняет представление о том, кто именно стоит за операцией.

Пять глав проводят агента через виллу, подземный бункер и остров. Пережив взрыв, он продолжает действовать скрытно и узнаёт о двойной игре Скайса, который сотрудничает с Руби и рассчитывал избавиться от своих людей. Противники уверены, что агент погиб; ему остаётся использовать это преимущество и сорвать их побег на подлодке.