В недалеком будущем Токио охвачен бесконечным миазмом, возникшим после пробуждения древнего противника. Необычная мгла заполняет целые районы и делает их местом охоты монстров. Судьба мегаполиса оказывается в руках Якумо — юного ниндзя-вундеркинда. Продвигаясь по городским улицам, он сражается с многочисленными киберсолдатами, вооруженными технологиями будущего, а также с потусторонними созданиями.

В ходе событий Якумо связывает свою судьбу с Рю Хаябусой: его наследие имеет прямое отношение к происходящему. Цель героев — снять с Токио старинное проклятие, которое остановило городскую жизнь и может привести к гибели всего города. Бои требуют меткости и продуманной тактики; расчленение врагов здесь — одна из ключевых механик. Bloodbind Ninjutsu на время меняет оружие, делая его мощнее и позволяя проводить новые атаки.

В арсенал возвращены Izuna Drop и Flying Swallow: первый прием позволяет схватить противника и обрушить его вниз, второй — стремительно атаковать клинком в рывке. Рю Хаябуса тоже участвует в событиях, пользуясь знакомыми, но измененными умениями. В схватках важны быстрая реакция и умение замечать слабые места в защите врага; удары могут натуралистично отделять от тел конечности и головы. Настройки позволяют подбирать интенсивность боев под разный уровень подготовки.