В Master of Command полководец ведёт войска Семилетней войны в условиях суровой борьбы за выживание. Нужно следить за ресурсами не меньше, чем добиваться тактического преимущества. На процедурно генерируемой карте, скрытой туманом войны, приходится выбирать: быстро продвигаться и рисковать припасами или остановиться, пополнить их и дать врагу время перегруппироваться. Эти решения влияют на мораль и боеспособность солдат.

В распоряжении игрока — свыше 150 исторически воссозданных отрядов пяти европейских держав: Пруссии, Австрии, России, Великобритании и Франции. Можно собрать элитные части — например, прусских гусар «Мёртвая голова» или британских хайлендских гренадеров, — либо выбрать более многочисленных и дешёвых русских рекрутов. Состав армии зависит от доктрины фракции: она позволяет опираться на дисциплину и выучку или предпочесть численный перевес.

В каждой непредсказуемой кампании нужно найти и уничтожить главный вражеский лагерь. К нему ведут тактические сражения, в которых каждая потеря имеет значение. Деревни, конвои и места прежних битв могут дать средства и возможность нанять бойцов, но способны обернуться смертельными ловушками. Сочетание roguelike и классической стратегии делает повторные прохождения разнообразными: в каждом из них приходится менять подход к ведению войны.