Питер Паркер и Майлз Моралес по очереди выходят на улицы расширенного Нью-Йорка: игрок может переключаться между ними в любой момент и выбирать, каким героем продолжить исследование города и борьбу с преступностью. Для перемещения доступны полёты на паутине и новые «крылья паутины», позволяющие планировать и выполнять воздушные манёвры. Среди новых мест — Бруклин, Квинс, Кони-Айленд и Статуя Свободы.

История продолжает события предыдущей игры, где Майлз стал Человеком-пауком, а Гарри Осборн оказался заражён симбиотом. Теперь симбионт влияет на обоих героев: он открывает новые способности, но приносит и новые испытания. Его появление связано с Веномом — одним из главных противников. Питеру и Майлзу также предстоит столкнуться с Кравеном-охотником, который проверяет их умения и убеждения, предлагая присоединиться к своей охоте или принять его вызов. Среди других врагов — Ящер, Электро и Носорог.