В Batman: Arkham Knight, экшене от третьего лица, Бэтмену предстоит разобраться с Пугалом и устранить созданную им угрозу. После событий предыдущей игры Готэм выглядит спокойным и безопасным, хотя в городе всё ещё происходят драки, ограбления и убийства. Если о них не становится известно герою, то либо полиция заминает происшествия, либо это лишь слухи. Пугало возвращается и заявляет, что в прошлый раз израсходовал всего 100 граммов своего вещества.

В начале истории Бэтмен много перемещается по Готэму. Основные события разворачиваются в Китайском квартале: там обнаруживается небольшое убежище Пугала, где тот производит токсин. Получив новейшую разработку из военного кортежа, герой отправляется её изучить, чтобы не допустить последствий нового взрыва.

В сюжете участвуют знакомые персонажи. Комиссар полиции Джеймс Гордон помогает Бэтмену. Женщина-кошка сперва не ладит с главным героем, но впоследствии становится его возлюбленной. Среди противников — Джокер, король преступного мира и главный злодей, Пугало, умеющий управлять страхами и хорошо разбирающийся в психологии людей, а также Харли Квинн, Двуликий, Пингвин и другие. История полна сюжетных поворотов, как и кинолента.

Большинство возможностей из предыдущей части сохранилось: среди гаджетов названы крюк, тросомёт и бэтаранг. Детективное зрение теперь действует только в отдельных локациях и недоступно в городской черте во время свободного исследования. Некоторые задания также отправляют в открытый мир Готэма.

Боевая система заметно изменилась. Помимо контратак, союзники могут объединяться в «боевую связку» и исполнять на глазах у игрока особые приёмы. В игре также остались новые костюмы и управляемый Бэтмобиль, на котором можно выполнять трюки.