В IXION игроку предстоит руководить космической станцией и заботиться о судьбе человечества: это игра на выживание с градостроительными элементами. Земля стала непригодной для жизни, и рассчитывать людям приходится лишь на себя. Чтобы не допустить катастрофы, капитан следит за техническим состоянием корабля и равновесием его параметров.

В будущем Луна раскалывается и движется к Земле; вскоре спутник столкнётся с планетой и уничтожит всё живое. После этого известия правительство начинает спасательную операцию: строит огромные станции для путешествий по космосу и поиска нового пристанища с подходящим кислородом и климатом. Часть людей отправляют в криосон, чтобы во время пути они не старели и могли начать жизнь заново в другой системе.

Игрок — капитан одной из таких станций. Ему нужно исследовать вселенную и поддерживать благополучие колонии. По мере продвижения становятся доступны шесть основных секций, в которых можно размещать здания и полезные механизмы.

Космос опасен: некоторые выжившие отказываются трудиться ради общего блага и ради собственного спасения могут атаковать корабль, повреждая важные механизмы. Также капитану необходимо уклоняться от астероидов и космического мусора, заранее разворачивая массивную станцию, пока препятствия ещё не появились в поле зрения.