В Fixer Undercover предстоит действовать под прикрытием в закрытом исправительном учреждении Редемпшн: герой проникает туда как обычный сервисный рабочий и ведёт скрытую разведку. Начальник Виктор Козлов заявляет, что по специальной программе перевоспитывает опасных преступников, но на деле заключённых принудительно лишают личности. Главные цели спецоперации — раздобыть компромат на руководство и собрать сведения, не выдав себя.

История разворачивается в 7 главах. Чтобы преодолевать пространственные головоломки, нужны и логика, и физическое воздействие. Агенту помогает Уинстон — общительный летающий дрон, который взламывает системы, ведёт разведку и сообщает полезную информацию. В распоряжении героя пять обычных рабочих инструментов, среди них молоток и гаечный ключ: ими разбирают панели управления, перенаправляют электричество и открывают вентиляционные люки. Также приходится чинить оборудование и находить нужные предметы в тюремном блоке.

Игрок исследует заброшенные столовые, закрытые камеры и технические коллекторы, взаимодействуя с окружением на физическом уровне. Предусмотрены два способа управления: виртуальная реальность с тактильной отдачей контроллеров и классические мышь с клавиатурой. Прохождение занимает от 6 до 8 часов. В игре сочетаются квестовые механики и симуляция побега из комнаты, а успех разведмиссии зависит от того, насколько умело применяются доступные инструменты.