Empire Earth 3 завершает классическую трилогию в жанре стратегии реального времени. Механики сделали проще, чтобы привлечь более казуальную аудиторию и расширить круг игроков. Сюжетные одиночные кампании служат подготовкой к масштабным военным операциям в мультиплеере, хотя схватки с искусственным интеллектом не дают тех же эмоций, что встречи с живым соперником. Начало каждой миссии отличается от предыдущих.

В игре действуют три стороны: Европа и США, Аравия и Турция, а также Китай, объединившийся с Японией и Кореей. У каждой свои сильные и слабые стороны, поэтому они играются по-разному. Баланс между видами юнитов строится по принципу «камень-ножницы-бумага». Сражаться предстоит по всему миру; для сетевых и одиночных стычек можно создавать собственные карты.

Базовый игровой цикл включает сбор ресурсов и их переработку в постройки. Казармы, танковые заводы и другие здания позволяют нанимать и выпускать боевые отряды. Армия имеет ключевое значение: победить дипломатическим или научным путём нельзя. Поскольку поля сражений охватывают большие территории, ситуацию на разных участках показывает стратегическая карта — схематичный обзор, помогающий быстро реагировать на важные перемены.