В Barkhan человечество вступило в далёкое будущее, достигнув высокого уровня технологического развития. За власть соперничают три основные военные фракции — Великие Кланы. Это стратегия в реальном времени: игрок отдаёт армии приказы, нанимает бойцов и возводит базу.

В одиночной кампании предстоит выбрать один из Кланов: Хитрости, Силы или Воли. У каждой фракции свои уникальные юниты и постройки, поэтому для сражений нужны разные тактики. На карте игрок координирует войска в динамичных битвах, строит лагерь и защитные сооружения. В его распоряжении также производство техники, авиации и пехоты, вооружённой огнестрельным оружием.

Арсенал включает плазменное оружие, летающую технику, боевых дронов и оборудование для создания маскировочных полей, обеспечивающих невидимость. На уровнях время от времени появляются огромные Песчаные Змеи: они могут нападать на людей, охраняя древние тайны пустынной планеты. Военные фракции постоянно борются друг с другом за власть.