Найти выход в DOOM бывает не менее важно, чем уничтожить врагов. Уровни устроены как лабиринты из лабораторий, шахт и коридоров: цветные ключи открывают запертые двери, лифты соединяют высоты, а телепорты переносят на другие участки карты. Завершение этапа обычно связано с выходным переключателем или переходом.

Окружение тоже способно убить. Опасные жидкости и отходы покрывают отдельные участки пола, а движущийся потолок может раздавить морпеха. Тайники требуют внимательности: за незаметной стеной или необычным проходом нередко скрываются полезные находки.

Безымянный солдат оказывается на Фобосе, где деятельность Объединённой аэрокосмической корпорации оборачивается вторжением из Ада. Часть персонала превращена в мертвецов. Среди противников встречаются бывшие люди, бесы, демоны, спектры, потерянные души, какодемоны и бароны Ада; обычные перестрелки дополняют схватки с боссами.

Игра соединяет быстрый бой от первого лица с исследованием и пространственными задачами. Продвижение требует не только боеприпасов, но и понимания того, как связаны помещения уровня.