Red Alert 2 продолжает историю Союзников из первой игры. Действие стратегии в реальном времени разворачивается в параллельной версии 1970–1980-х годов, устроенной по законам Альберта Эйнштейна. Противостоят друг другу Советский Союз и Альянс, а холодная война постепенно приводит мир к Третьей мировой.

После смерти Сталина Советы ставят во главе страны Александра Романова, рассчитывая управлять им как марионеткой. Но Романов сам стремится отомстить США. Большинство построек и боевых единиц мало изменилось по сравнению с первой частью, хотя отдельные машины получили новые названия: танк «Мамонт», например, стал «Апокалипсисом». Здания делятся на производственно-научные и оборонительные, а войска — на пехоту и бронетехнику. Среди сражений стало больше городских: захваченные дома можно использовать для тактических манёвров.

Предусмотрены две кампании — советская и союзническая, по 12 миссий в каждой. Обычно нужно уничтожить вражескую базу, но задания «Красная революция», «Тёмная ночь» и «Лиса и гончая» предлагают необычные сценарии. В советской кампании есть сюжетная линия, которая впоследствии стала основой дополнения «Месть Юрия» (Yuri's Revenge).

Помимо кампаний доступна «Схватка» (Skirmish). Играть можно за одну из девяти стран: США, Великобританию, Германию, Южную Корею или Францию на стороне Западного блока, либо за Кубу, Ирак, Ливию или Россию на социалистической стороне. У каждой фракции свои войска и технологии.