Под командованием игрока оказывается флот людей, переживших гибель 12 Колоний и пытающихся спастись. Нужно прокладывать путь среди примечательных мест галактики, чтобы добраться до последней надежды человечества. Тем временем на кораблях приходится разбираться с непрерывными бедами: беречь ограниченные запасы и улаживать разногласия между фракциями.

Среди членов экипажа могут скрываться сайлонские агенты; их поиски подпитывают всеобщее недоверие. Сайлонская армада приближается, поэтому решения игрока влияют на то, когда произойдёт очередная стычка. Противостоять предстоит врагу, чья численность превосходит силы флота. В рискованных тактических боях нужно удерживать оборону, пока не завершится подготовка к сверхсветовому прыжку.

Во время сражений можно поставить игру на паузу, переместить звенья и задействовать оружие — в том числе ядерные ракеты — для точных атак. Даже выигранные бои обходятся дорого: корабли серьёзно страдают, а бойцы погибают. Ради спасения эскадры приходится принимать такие потери. Новые попытки открывают возможности, повышающие вероятность успеха; уникальные составы флота, специальные подразделения и мета-улучшения дополняются процедурно создаваемым повествованием, поэтому прохождения различаются.