В YOU and ME and HER: A Love Story переплетаются истории Миюки — красивой королевы школы, и Аоя, обаятельного, но неловкого неудачника. Это визуальная новелла о романтических отношениях центральных героев; изображения и анимацию создал Цудзи Санта, а решения игрока определяют концовку.

Начало истории связано с Шиничи: он решает поддержать доброго изгнанника Аоя, который, в свою очередь, получает помощь самой популярной ученицы. Между персонажами возникает романтика, привычный любовный треугольник начинает рушиться, и будущее героев становится непредсказуемым. Шиничи мечтает лишь о спокойствии. Хотя прежде он был близок с Миюки, желание вести обычную жизнь мешает им стать кем-то большим, чем одноклассниками.

Перемены наступают, когда чудаковатый Аой неожиданно пытается поцеловать Шиничи. Миюки успевает вмешаться и остановить его. После этого Шиничи хочет поговорить с девушкой наедине, а затем просит у неё помощи — так складывается трио главных героев. Аой постепенно узнаёт, что значит дружба, тогда как в Миюки снова оживают давно забытые чувства. Диалоги и монологи основных персонажей озвучены профессиональными актёрами.