CLANNAD — визуальная новелла с аниме-стилистикой. Главный герой, Томоя Окадзаки, живёт с отцом-алкоголиком и начинает новый учебный год в школе Хикаридзака. По дороге туда он встречает Нагису Фурукаву — одинокую девушку без друзей, у которой слабое здоровье.

Повествование зависит от решений игрока: помогая Нагисе найти друзей, Томоя сближается с одними персонажами, но отношения с другими могут ухудшиться. Выборы также влияют на судьбы героев. В конце сюжетных линий возможны как хорошие, так и плохие развязки — для главных и второстепенных персонажей.

Среди шести центральных персонажей — Томоя и Нагиса, а также:

  • Кё Фудзибаяси — староста класса, втайне влюблённая в Томою;
  • Котоми Итиносэ — ученица, известная как местный гений;
  • Томоё Сакагами — сильная девушка, которую многие считают жестокой;
  • Фуко Ибуки — отзывчивая и добрая ученица, готовая помогать другим.

Игра состоит из двух частей — «Школьная жизнь» и «После школы»; в каждой по 8 эпизодов. За прохождение арок дают особые бонусы — Сферы Света. Чтобы открыть единственную каноническую концовку, нужно собрать 13 сфер.

В отличие от других проектов студии, в CLANNAD нет интимных отношений между персонажами. В числе бонусных материалов — арты и концепт-арты.