В кампаниях игрок преследует Иллидана вместе с Мэв Песней Теней, помогает Кель’Тасу и кровавым эльфам пережить вторжение, а затем выбирает сторону в расколе Плети. Истории разворачиваются примерно через год после Reign of Chaos и раскрывают последствия прежних событий, одновременно подготавливая новые конфликты и события World of Warcraft.

Дополнительная кампания «Основание Дуротара» предлагает иной темп: управляя Рексаром, нужно помогать оркам защищать и развивать свой дом. Здесь больше ролевых элементов, чем в обычной стратегии.

В основных кампаниях тактические решения опираются на обновлённый состав армий: у каждой расы появились новые юниты, здания, улучшения и герои; добавлены Наги и Дренеи. Изменены осадные машины и баланс стоимости построек и войск. Морские сражения возвращают флот в игру, а нейтральных героев можно нанимать. Для собственных партий доступны разнообразные карты и сценарии, которые можно создавать во встроенном редакторе с расширенными возможностями.