Действие Village in the Shade разворачивается в Кагацу, уединённом японском поселении среди живописных гор. За пасторальными пейзажами скрываются старинные табу, которые жители передают из поколения в поколение. Жизнь общины подчинена кодексу предков: он запрещает выходить из дома ночью, общаться с незнакомцами и покидать долину. Нарушение заветов связано с появлением потусторонних сил; местные правила призваны оградить жителей от этой угрозы.

Повседневные занятия включают развитие заброшенного приусадебного участка и постепенный ремонт полуразрушенного жилья. Можно обрабатывать плодородные грядки, ухаживать за домашним скотом, охотиться и рыбачить на реке, а также обставлять комнаты купленной мебелью.

Для размеренного погружения предусмотрен специальный мирный режим без мистических явлений. Он рассчитан более чем на 100 часов неторопливого труда.

Праздник цветения сакуры и летний фестиваль помогают сблизиться с общиной. Собранные на участке материалы идут на ограждения, а питомцы защищены от гибели. Ночью можно встретить новых призраков; подслушанные разговоры сельчан дают зацепки о тайнах долины.