После гибели «Лапуты» — последнего парящего пристанища человечества — уцелевшим предстоит вернуть Землю, занятую инопланетянами. Игрок руководит остатками населения и сам определяет, каким будет будущее планеты. Для этого нужно выполнять разные задания, обустраивать убежища, развивать персонажей и искать союзников.

Здесь сочетаются глобальная стратегия и тактические сражения в реальном времени. На общей карте можно отвоёвывать территории и строить базы, заводы, лаборатории, библиотеки и школы. В занятые провинции приходят мирные жители; время от времени им требуется помощь в опасных ситуациях. Доступны и дипломатические методы проникновения: хорошие отношения с местными дают преимущества как в самой области, так и в дальнейших действиях.

В игре представлены четыре основные группировки. Люди сбиваются в крупные племенные сообщества, пользуются кибернетическими имплантами, бронежилетами и шлемами. Они способны переносить много снаряжения и хорошо ведут разведку. Киборги — существа с человеческим обликом, чьи тела снабжены вживлёнными электрическими устройствами; врагов они обнаруживают при помощи инфракрасных сканеров в глазах. Псионики специализируются на прикрытии и обладают сильными телепатическими способностями: они могут подчинять разум как союзников, так и противников, но уязвимы в ближнем бою. Культисты поклоняются варготам и используют мощное энергетическое и огнестрельное оружие. В их рядах есть штурмовики, медики и снайперы; среди фракций они наиболее опасны.

Для строительства нужны ресурсы трёх видов: низкотехнологичное, высокотехнологичное и инопланетное сырьё. Они также обеспечивают маршруты и торговые связи между постройками. В сражениях применяется разнообразное огнестрельное оружие, включая АК-47, M4, SPAS-15, ПКМ, M60E3, MSG90, Colt и Uzi. У каждого образца свои особенности и эффективность против отдельных типов врагов.