Игра продолжает заложенные предшественницей основы и предлагает два ритм-режима. В Kagura нужно попадать по нотам на шести дорожках, нажимая на них пальцами в нужной последовательности. Успешные действия формируют комбо и помогают набрать высокий счет. В режиме доступно свыше 160 популярных аранжировок и четыре уровня сложности — подобрать испытание смогут и новички, и опытные поклонники ритм-игр.

В Danmaku привычная схема меняется: ритм-механика сочетается с элементами shoot 'em up. Нажатия на ноты по краям поля позволяют проводить мощные атаки по боссам. На каждом этапе есть особые задания, для выполнения которых потребуются тактика и точность исполнения.

Музыкальная подборка Phantasia Lost не ограничивается исходным саундтреком: всего в игре заявлено 68 композиций. Планируются четыре набора DLC Music Pack, которые должны увеличить число треков до 102. Также предусмотрены бесплатные дополнения; первое должно появиться одновременно с игрой и добавить совместную композицию «U.N. Owen Was Hero?» Тоби Фокса и ZUN.

В сюжете Рейму собирает карты Митама — осколки воспоминаний, необходимые, чтобы вернуть утраченную землю Фантазии. Используя Данмаку Кагуру, она стремится выяснить, что привело к разрушению этих земель. Параллельно Мариса проходит собственный путь, и встретятся ли героини, остается неизвестным.

Игра сочетает музыкальные испытания, разнообразный набор композиций и сюжетную интригу; она рассчитана как на поклонников серии, так и на тех, кто ищет новые впечатления от ритм-игр.