The Isle предлагает три режима. В «Прогрессии» игрок управляет динозаврами, развивает их и открывает новые виды рептилий. «Выживание» дает доступ ко всем представленным в игре динозаврам, но заставляет добывать пищу и воду и искать всё необходимое для жизни в дикой природе. В «Песочнице» доступны все игровые возможности, а цели и ограничения отсутствуют.

Игровой остров занимает 16 × 16 квадратных километров. Его случайно генерируемое разнообразное окружение меняется от запуска к запуску: артефакты, предметы и события оказываются в разных местах. Для исследования территории с ее многочисленными секретами игрокам нужно объединяться; среди находок есть квестовые предметы, помогающие продвигать сюжет. Пейзажи включают равнины, пустыни, джунгли и древние руины. По мере игры фауна и природа развиваются и меняются, учитывая действия игрока.

Можно выбрать один из двух классов людей — современных или коренных — либо играть за динозавра. У каждого класса есть свои потребности, включая голод и жажду. Способы добывать необходимое различаются: одни существа избегают опасности, другие охотятся и выслеживают добычу.

В игре представлены 30 видов рептилий, в том числе трицератопс, карнотавр, тираннозавр, галлимим, ютараптор, акрокантозавр и аллозавр. Среди существ есть наземные и летающие. Геймплей охватывает полный путь взросления — от юного возраста до совершеннолетия. В многопользовательской игре могут участвовать до 100 человек.