Действие The House of Da Vinci 3 разворачивается в Италии эпохи Возрождения, а в центре истории снова Джакомо. Игра завершает трилогию о путешествиях во времени друга Леонардо да Винчи. Сюжет продолжает события второй части: на героя нападают бандиты, после чего он оказывается в катакомбах. Окулус Перпетуа — устройство, с помощью которого можно было перемещаться во времени, — разбито, и Джакомо предстоит его починить. Историю рассказывают кат-сцены, заметки и озвученные диалоги; ролики можно повторно открыть в журнале.

Это линейная point-and-click adventure, как и две предыдущие игры серии. Сначала проект вышел на смартфонах, затем появился на ПК. Загадки часто включают несколько отдельных этапов: например, прежде чем решить головоломку с рычагом, его нужно отремонтировать. После выполнения задачи связанные с ней предметы утрачивают интерактивность и становятся частью окружения. Пазлы отличаются друг от друга; некоторые требуют отправиться в прошлое, чтобы изменить настоящее. Игрок может находить и применять предметы, но вместимость инвентаря невелика.

Разработчики добавили новые способы взаимодействия с окружением и немного изменили интерфейс.