Исаак прячется в подвале, спасаясь от угрозы дома, и оказывается среди чудовищных образов собственных страхов. The Binding of Isaac: Afterbirth+ расширяет Rebirth и Afterbirth новыми комнатами, предметами, противниками и испытаниями.

Прохождение представляет собой последовательность меняющихся забегов. Герой очищает комнаты, собирает монеты и ключи, находит усиления и добирается до боссов. Сочетания предметов существенно меняют атаки и возможности персонажа.

Дополнение включает новую заключительную главу, дополнительного героя и усложнённый вариант режима Greed. Бестиарий помогает учитывать встреченных врагов, а механика victory lap позволяет продолжить успешный забег.

Инструменты модификации расширяют возможности пользовательского творчества. Основная структура сохраняет акцент на реакции, поиске полезных сочетаний и постепенном открытии нового контента, при этом тёмная гротескная подача остаётся частью истории.