В 2114 году герой приходит в себя после криосна на FTL-корабле «Фон Браун». Судно занято биоинженерными мутантами и агрессивными механизмами. За его системами следит ШОДАН — ИИ, который намерен уничтожить человечество. Игроку предстоит противостоять ему и выживать в опасных корабельных коридорах. В обновлённом издании появились новшества, рассчитанные на современную аудиторию.

Кампания поддерживает совместное прохождение по сети между разными платформами: участники могут пройти сюжет вместе, даже если играют на разных системах. До начала игры нужно выбрать одну из трёх военных специализаций — оперативника O.S.A., морского пехотинца или флотского офицера. Специализация задаёт набор навыков, включая псионику, обращение с оружием и технические умения, и тем самым влияет на стиль игры.

Технические обновления затронули разные стороны проекта. Поддерживаются сверхширокие мониторы, а частота кадров достигает 144 в секунду. Переработаны модели персонажей и оружия, обновлена анимация — происходящее выглядит достовернее. Также добавлена официальная поддержка модификаций и тщательно оптимизировано управление с контроллера. В ремастер включили 50 достижений; многочисленные улучшения удобства делают игровой опыт доступнее, сохраняя его исходную суть.