В Sweet Transit управление поселением строится вокруг железнодорожной сети: через неё продают произведённые в городе товары и получают взамен продовольствие и нужные для города ресурсы. От решений руководителя транспортной компании зависят и достаток жителей, и городская экономика.

Игрок начинает с небольшого поселения у депо, которое владелец большой железнодорожной сети создаёт для своих работников. По мере роста населения можно открывать новые рабочие места и развивать дело, строя фабрики, заводы и другие производства. При этом необходимо учитывать нужды горожан и обеспечивать их запасами еды: некоторые продукты доставляются лишь издалека, поэтому без железной дороги не обойтись.

Развитие проходит через разные эпохи железнодорожного транспорта — от медленных угольных локомотивов, расходующих большие объёмы топлива, до более быстрых моделей с двигателями внутреннего сгорания. Игрок самостоятельно задаёт маршруты и расписания поездов. Остановки у нескольких производств позволяют присоединять вагоны и перевозить более широкий ассортимент товаров, избегая лишнего расхода топлива на петлях. Также важно контролировать движение, чтобы составы не сталкивались и не приводили к серьёзным задержкам доставки.