Super Meat Boy — платформер с видом сбоку, где игрок управляет мясным кубиком. Он должен спасти свою подругу — перебинтованную субстанцию, похищенную огромным Эмбрионом в смокинге, который уносит её по локациям. Новых функций, RPG-составляющей или глубокого сюжета здесь нет: задача героя — добраться до подруги и не погибнуть.

В игре 350 уровней, каждый проходит в отдельной локации. Мясной парень перемещается по миру, цепляясь за стены, и избегает пил, бассейнов с гвоздями и стен с гвоздями или иглами. Основные 300 уровней распределены по пяти главам и разным мирам. Почти на каждой локации есть синий портал: игрок решает сам, входить ли в него. В одном из путешествий можно играть за Бандаж, подругу героя.

В платформер включены персонажи и монстры из Minecraft, Bit.Trip и Machinarium. Боссы, появляющиеся в конце каждого этапа, очень сложны; в первой главе — 20 уровней. Сложность постепенно растёт от лёгкой до невероятной. Разработчики обещали, что история о том, как мясной парень и Бандаж выбираются из зловещих уровней, заставит игроков несколько недель плакать в подушку.