Subway Midnight отправляет героя в населённый призраками поезд. Одни из его обитателей относятся к нему доброжелательно, другие проявляют агрессию. Чтобы выжить и попасть обратно в привычный мир, по ходу сюжета нужно принимать верные решения.

Игровой мир сочетает нарисованную визуальную стилистику, психоделические эффекты и широкий спектр переживаний. По мере продвижения меняются и облик игры, и способ подачи истории. Впереди — более сотни вагонов с необычными происшествиями и персонажами: призраками и прочими потусторонними существами.

Путь преграждают загадки и головоломки, для решения которых требуется логика. Чтобы разобраться в происходящем и продвинуться дальше, нужно взаимодействовать с окружением и предметами в вагонах. История нелинейна и предлагает множество вариантов развития событий.