Slime Rancher рассказывает о Беатрикс Лёбо — исследовательнице, которая отправляется с Земли за тысячи световых лет и обустраивает дом в Беспредельном Загорье. Она посвящает себя разведению желеобразных существ и ведёт унаследованное хозяйство: заботится о разноцветных обитателях и исследует дикую местность. Вокруг находятся секреты, оставленные предшественниками, а местная фауна становится основой хозяйственной деятельности: её плоды превращаются в ценные ресурсы и дают возможность разбогатеть.

Для работы Беатрикс использует вакуумный аппарат, которым можно быстро засасывать и переносить предметы, в том числе еду и живых существ. Рацион важен для успеха фермы: любимая пища удваивает производство плортов. Эти биологические продукты расходуются на покупку высокотехнологичных модулей, расширение загонов и строительство садов или курятников. Улучшение оборудования расширяет физические возможности героини, а реактивный ранец помогает добираться до высот, прежде недоступных. На ферме есть хранилище с 4 отсеками; распределение находок по ним помогает наладить логистику.

Скрещивание разных видов позволяет получать Ларго — гибридов, сочетающих черты обоих предков. Но если такие существа поедают чужеродные кристаллы, неконтролируемые мутации могут породить агрессивных смоляных чудовищ, уничтожающих всё живое вокруг. Единственное средство против распространения заражения — запасы пресной воды, которые используют для нейтрализации угрозы.

Исследуя разные биомы, Беатрикс находит редкие материалы и получает новые поручения. Некоторые из них предполагают частичную автоматизацию хозяйства с помощью роботов-помощников. Меняющееся время суток и условия окружающей среды требуют приспосабливаться к особенностям инопланетного мира.