Цель в Slay the Spire — пройти башню из множества комнат и добраться до её вершины. По пути можно выбрать одного из четырёх героев, пополнять собрание карт, одолевать обычных противников, а в итоге — главного злодея. Планировка башни и её развилки меняются от прохождения к прохождению. Путь состоит из трёх актов, и в финале каждого необходимо победить босса этого этапа.

В игре представлены четыре героя. Броненосец сочетает прямые удары с наносящими урон заклинаниями и умеет восстанавливать силы. Тишина — охотница-разбойница, использующая яд, кинжалы и комбинации заклятий в бою. Дефект, боевой дроид, задействует в сражениях разные энергетические сферы. Наблюдатель — воин-монах, черпающий силу для атак из стоек и время от времени призывающий особые карты.

На пути встречаются разные помещения: арены с врагами, места для отдыха, магазины, сокровищницы и комнаты с заданиями. Сражения проходят пошагово; у каждого персонажа своя колода, а полученная карта определяет, что можно сделать в следующий ход: атаковать или подвергнуться проклятию противника. Помимо атакующих и проклинающих карт, существуют карты со статусами и нейтральные карты. У каждого класса также есть собственные таланты и навыки.

По мере продвижения вверх колода игрока становится больше и сильнее. Однако поражения и неудачи при выполнении заданий могут добавить в неё карты, вредящие самому игроку.