В Японии эпохи Эдо самурай Мугэн получает приказ выследить Кагэ-сама, чьи сторонники угрожают власти сёгуна. Для тайных операций собирается отряд из пяти человек. В Shadow Tactics игрок управляет ими в реальном времени и сам решает, кто отвлечёт стражу, кто пройдёт мимо неё и где команда снова встретится после выполнения задачи.

Хаято может бросить сюрикен или отвлечь часового. Юки заманивает врагов в ловушку звуком флейты. Мугэн оставляет бутылку сакэ в качестве приманки и способен справиться с самураем в ближнем бою. Аико пользуется переодеванием и заколкой, а Такума поддерживает товарищей издали снайперским выстрелом или гранатой. Скрыть следы после его атаки придётся другим членам команды.

У рядового патрульного можно выманить нужный шаг, тогда как стражник в соломенной шляпе держится своего поста. Выстрел из пистолета решает одну проблему, но привлекает внимание шумом. Оставленное на виду тело или случайный свидетель могут поднять тревогу. На заснеженных картах маршрут выдают следы, а в ночных миссиях темнотой можно воспользоваться, чтобы пройти между постами.