Действие Commandos: Behind Enemy Lines происходит во время Второй мировой войны. Игроку предстоит командовать диверсионным отрядом и пройти 20 уровней с заданиями. Камера показывает происходящее сверху, а на больших локациях нужно уничтожать объекты и технику противника, освобождать союзников или ликвидировать группенфюреров.

В отряде может быть до шести бойцов с разными умениями, однако на некоторых заданиях доступны лишь отдельные его участники. Под управление попадают сапёр, шофёр, шпион, морской пехотинец и десантник. У каждого свои способности и полезные навыки, а среди оружия и средств есть пистолеты, снайперская винтовка, гранаты, автоматы, капканы и шприцы с ядом.

Миссии проходят, в частности, в Северной Африке и Норвегии. Там предстоит выполнять тайные задания, добывать важные сведения и устранять значимых людей в лагере врага. Бойцы могут пользоваться бронеавтомобилями, легковыми машинами, танками Panzer и малой подводной лодкой. По пути можно вызволить пленника, осведомителя или лётчика.

Противники численно превосходят отряд, поэтому успех зависит от смекалки и продуманной тактики. Если погибает хотя бы один боец, миссия завершается; в отдельных случаях к провалу приводит и обнаружение отряда. Перед началом уровня его цели и задачи отображаются в списке. Немецкие солдаты действуют динамично, но видят лишь ограниченную область.